目前所有的高壓滅菌器都要求工作時使用蒸餾水或純水，因為蒸餾水具有純凈、無雜質、無離子，不會產生水垢等特性。如果高壓滅菌器不使用蒸餾水，會對機器造成損傷。如細管路堵塞，干燥后在手機表面形成水垢、水斑，并沉積在高壓滅菌器內的蒸汽傳感器，溫度傳感器表面上，使傳感器工作失常，影響高壓滅菌器的正常使用，所以使用純凈的蒸餾水很重要。按照標準，高壓滅菌器使用的純凈水的電導率不要超過15us/cm，但目前許多醫院都是自己生產或外購蒸餾水，如生產過程控制不好，會使其中的水質有高有低，另外一個原因是部分高壓滅菌器內部循環使用蒸餾水，這會造成水質持續下降.大約三年左右的時間，機器產生故障的概率*。